അയോധ്യ രാമക്ഷേത്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പ്രാണ പ്രതിഷ്ഠാ ചടങ്ങിൽ പങ്കെടുക്കുന്നതിൽ ഹൈന്ദവാചാര്യന്മാർക്കിടയിൽ ഭിന്നത. ചടങ്ങിൽ പങ്കെടുക്കില്ലെന്ന് പുരി ഗോവർധന മഠാധിപതി ശങ്കരാചാര്യ നിശ്ചലാനന്ദ സരസ്വതി അറിയിച്ചതിന് പിന്നാലെ ചടങ്ങിനെതിരെ കൂടുതൽ ഹൈന്ദവപുരോഹിതർ രംഗത്ത് വന്നു. ചടങ്ങ് സനാതന ധർമത്തിന് എതിരാണെന്ന് പറഞ്ഞ് വിട്ട് നിൽക്കാനാണ് ശങ്കരാചാര്യന്മാരുടെ തീരുമാനം. 4000 പുരോഹിതന്മാർക്കാണ് രാമ ജന്മഭൂമി ക്ഷേത്ര ട്രസ്റ്റിന്റെ ക്ഷണം ഉള്ളത്.
ചടങ്ങിൽ നിന്ന് വിട്ട് നിൽക്കുമെന്ന് ഉത്തരാഘണ്ഢ് ജ്യോതിഷ്പീഠിലെ ശങ്കരാചാര്യ സ്വാമി അവിമുക്തേശ്വരാനന്ദ് സരസ്വതി വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്. നിലവിൽ നടക്കുന്ന ചടങ്ങ് ശാസ്ത്ര വിധിക്ക് വിപരീതമാണെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് തീരുമാനം. രാമ ക്ഷേത്രത്തിൻ്റെ നിർമാണം കഴിയും മുൻപേ പ്രാണ പ്രതിഷ്ഠാ ചടങ്ങ് നടത്തുന്നത് ശാസ്ത്ര വിധികൾക്ക് എതിരാണെന്നാണ് സ്വാമിയുടെ വാദം. ഹൈന്ദവ വിശ്വാസത്തിൻ്റെ കൽപനകളുടെ ആദ്യ ലംഘനമാണ് ഇത്. ഹൈന്ദവ വിശ്വാസത്തിൻ്റെ രീതികൾ അനുസരിക്കുകയെന്നതാണ് ശങ്കരാചാര്യന്മാരുടെ കടമ. അയോധ്യ രാമക്ഷേത്ര പ്രാണപ്രതിഷ്ഠാ ചടങ്ങിൽ അത് ലംഘിക്കപ്പെടുകയാണ്. അതുകൊണ്ട് നാല് ശങ്കരാചാര്യരും ചടങ്ങിൽ പങ്കെടുക്കില്ലെന്ന് അവിമുക്തേശ്വരാനന്ദ് മാധ്യമങ്ങളോട് പറഞ്ഞതായി ടെലിഗ്രാഫ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തു.
1949 ഡിസംബർ 22ന് അർധരാത്രി പെട്ടെന്ന് ശ്രീരാമ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിച്ചത് അന്ന് നിലനിന്നിരുന്ന സാഹചര്യം കണക്കിലെടുത്താണ്. അത് വ്യക്തമായി അറിയാവുന്നതുകൊണ്ട് ശങ്കരാചാര്യന്മാരാരും അതിനെ എതിർത്തില്ല. 1992 ലാണ് ബാബ്രി മസ്ജിദ് തകർക്കുന്നത്. എന്നാൽ ഇന്ന് തങ്ങളുടെ പക്കൽ വേണ്ടത്ര സമയമുണ്ടെന്നും, ധൃതി കൂട്ടേണ്ടതായ സഹാചര്യമില്ലെന്നും അതുകൊണ്ടുതന്നെ ക്ഷേത്ര നിർമാണം പൂർത്തിയാക്കിയ ശേഷം പ്രാണ പ്രതിഷ്ഠാ ചടങ്ങ് നടത്തുന്നതാണ് ഉചിതമെന്നും അവിമുക്തേശ്വരാനന്ദ് വ്യക്തമാക്കി. ഇതെല്ലാം പറഞ്ഞാൽ തങ്ങളെ മോദി വിരുദ്ധരാക്കും, എന്നാൽ താൻ മോദി വിരുദ്ധനല്ലെന്നും പക്ഷേ ധർമ ശാസ്ത്രത്തിന് വിപരീതമായി പ്രവൃത്തിക്കാൻ കഴിയില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു.